Kolégium dekana je poradný orgán dekana, ktorého členmi sú prodekani fakulty, predseda akademického senátu fakulty, tajomník fakulty a vedúci katedier.
Dekan
Dr. h. c. prof. doc. JUDr. Marek Šmid, PhD.
Prodekan pre vzdelávanie
Mgr. Martin Šarkan, PhD.
Prodekan pre vedeckú činnosť
ThDr. ICDr. Remigiusz Piotr Górski OFM
Prodekanka pre vonkajšie vzťahy
prof. PhDr. Mária Šmidová, PhD.
Prodekan pre rozvoj
doc. Jozef Žuffa, PhD.
Tajomníčka fakulty
Ing. Ľubica Kollárová
Predseda akademického senátu
doc. Mgr. Lukáš Jeník, PhD.
Vedúca katedry biblických vied,
koordinátorka katedier v študijnom odbore teológia
ThDr. Mgr. Lucia Hidvéghyová, PhD.
Vedúci katedry systematickej teológie
ThDr. Ing. Milan Urbančok SDB, PhD.
Vedúci katedry praktickej teológie
Mgr. Vlastimil Dufka SJ, SL.D
Vedúca katedry counselingu
prof. PhDr. Mária Šmidová, PhD.