Vedecká rada fakulty je zložená z významných odborníkov v oblasti filozofie, teológie a sociálnej práce, pôsobiacich na fakulte a na iných inštitúciách alebo vedeckých pracoviskách.
Prerokúva dôležité otázky rozvoja fakulty v oblasti vzdelávania a vedy, hodnotí vedecký výskum a prerokúva žiadosti o habilitácie a inaugurácie.
Predseda
Dr. h. c. prof. doc. JUDr. Marek Šmid, PhD.
Podpredseda
ThDr. ICDr. Remigiusz Piotr Górski OFM
Interní členovia
prof. ThDr. Ladislav Csontos, PhD.
doc. Mgr. Lukáš Jeník, PhD.
prof. PhDr. Miroslav Karaba, PhD.
prof. ThLic. Miloš Lichner, D.Th.
doc. PaedDr. ThDr. Šimon Marinčák, PhD.
prof. PhDr. Mária Šmidová, PhD.
doc. Jozef Tiňo, PhD.
doc. ThLic. Krzysztof Trebski, PhD.
doc. Jozef Žuffa, PhD.
Externí členovia
doc. Dr. Michal Altrichter Th.D.
prof. Ing. Peter Dubovský, Th.D.
prof. Róbert Lapko, Th.D., PhD.
prof. PhDr. Michal Valčo, PhD.
prof. ICODr. Cyril Vasiľ
Fakultné zastúpenie v univerzitnej vedeckej rade
doc. Dr. Michal Altrichter Th.D.
prof. ThDr. RNDr. Ladislav Csontos SJ, PhD.
ThDr. ICDr. Remigiusz Piotr Górski OFM
prof. ThLic. Miloš Lichner SJ, D.Th.
Dr. h. c. prof. doc. Marek Šmid, PhD.