Kolégium dekana je poradný orgán dekana, ktorého členmi sú prodekani fakulty, predseda akademického senátu fakulty, tajomník fakulty a vedúci katedier.
Dekan
ThDr. ICDr. Remigiusz Piotr Górski OFM univerzitný doc.
Prodekan pre vzdelávanie
Mgr. Katarína Slezáková, PhD.
Prodekan pre vedeckú činnosť
Mgr. Martin Šarkan, PhD. univerzitný doc.
Prodekan pre vonkajšie vzťahy
Mgr. Martin Šarkan, PhD. univerzitný doc.
Prodekan pre rozvoj
doc. Jozef Žuffa, PhD.
Tajomníčka fakulty
Ing. Ľubica Kollárová
Predseda akademického senátu
ThDr. Ing. Milan Urbančok, PhD.
Vedúca katedry biblických vied,
koordinátorka katedier v študijnom odbore teológia
ThDr. Mgr. Lucia Hidvéghyová, PhD.
Vedúci katedry systematickej teológie
ThDr. Ing. Milan Urbančok SDB, PhD.
Vedúci katedry praktickej teológie
Mgr. Vlastimil Dufka SJ, SL.D
Vedúca katedry counselingu
prof. PhDr. Mária Šmidová, PhD.